很多临床诊断难度较大的慢性肝病，如各型病毒性肝炎、酒精性肝炎、肝结核、肝肉芽肿、血吸虫病、肝肿瘤、脂肪肝、肝脓肿、原发性胆汁性肝硬变及各种代谢性肝病（肝豆状核变性、肝糖原累积病、肝脏淀粉样变性）等，往往需要通过肝穿刺来了解患者的肝脏病变，为明确诊断提供重要的甚至可能是关键性的根据。

在发病早期，通过血液化验、b超检查一般难以发现。但是通过肝穿刺检查，能够对肝脏纤维化和早期、静止或尚在代偿期的肝硬化进行明确诊断，并可以鉴别肝硬化临床类型，区分是酒精性肝硬化，还是肝炎后肝硬化，以及是否伴有活动性肝炎。比如，有些诊断为慢性无症状肝病病毒携带者的患者，通过肝脏穿刺检查，可发现是活动性肝硬化或慢性活动性肝炎。

肝穿刺可看见肝组织的病变情况，为病情变化、预后的判断提供客观依据。重型乙肝如以肝细胞水肿为主，则病情较轻，预后较好，病亡率较低；如以肝脏细胞坏死为主，且正常肝脏细胞残存率较低，则病情严重，预后较差，病亡率高。

肝穿刺活组织检查是一种能直接了解肝组织的病理转变，并能够做出较客观、精确诊断的检测方法。有不少慢性乙肝患者，感染肝病病毒较长时间，但抽血化验发现转氨酶异常可能仅有半年时间，肝病病毒含量水平也不高。这样的患者通过肝穿刺能发现慢性肝病是否处于活动期，并能推断其病变的轻重程度。

治疗前后肝活检组织病理变化是评判药物治疗效果的可靠指标，为临床药物治疗提供客观的评价依据。现在常用的抗肝病病毒的药物有干扰素与拉米夫定，使用干扰素或拉米夫定进行抗病毒治疗，不仅疗程长，且价格昂贵。治疗前如能进行肝穿刺，根据肝组织炎症活动程度，有选择性和针对性地使用抗病毒药物，将明显提高疗效。

医学临床黄疸往往难以确定病因，可做肝活检。它能够确定黄疸是胆红素代谢障碍，或是肝脏细胞性黄疸，还是胆汁淤积所致，是病毒性还是药物引起。不同的原因，预后和治疗是不尽相同的，只有明确诊断，才能制定准确的诊疗方案。

在b超或ct检查引导下，有目的性地肝穿刺，可进行肝脓肿穿刺排脓、注射药物，无水酒精瘤内注射治疗肝癌等。在进行穿刺取材、诊断的同时，还能够进行诊断性治疗，做到诊断治疗两不误。

根据大多数肝炎病毒是嗜肝病毒，它们往往多在肝组织中寄生。只有血清肝病病毒达到适量时，临床化验才能够检验得到。因此现阶段仍有些病毒性肝炎，临床化验表明血清肝病病毒标志物全部是阴性，难以确定其病原。但是，通过肝穿刺，用超敏感免疫组织化学和原位分子杂交技术，可检查出寄生在肝组织中的肝炎病毒。