虽然核苷(酸)类药物在治疗慢性乙型肝炎中临床疗效和安全性较好，但需要长期使用，停药易复发，所以停药一直是患者所关心的问题。据调查，超过90%的患者渴望能够安全停药，但是只有约30%的患者经核苷(酸)类药物长期治疗后能达到停药标准，进一步只有约30%患者停药后能达到持久应答而不复发。
同时，长期治疗也存在一些潜在的隐患，其不良反应及耐药发生率可能随疗程增加而增加，如阿德福韦酯可能导致的肾毒性与低磷血症，替比夫定可能导致的肌病与神经病变，替诺福韦酯可能导致的肾毒性、低磷血症、骨密度减少等。
一般来说，不同的患者病情不一，每个人接受核苷（酸）类药物抗病毒治疗的具体疗程肯定不一致，根据目前我国和国际上指南推荐，停药标准如下：
至少2年建议在取得HBeAg血清学转换，HBV DNA检测不到，ALT正常的情况下继续巩固治疗1年以上，最好巩固冶疗3年，可以考虑停药。
无明确疗程建议治疗至HBsAg转阴、HBsAg血清学转换或HBsAg清除后巩固治疗至少12个月才停药。
都建议终生治疗
达到停药标准的患者停药后半年内至少每2个月检测1次肝功能、HBV血清学标志和HBV DNA,以后每3-6个月检测1次，至少随访12个月，随访中如有病情变化应缩短随访间隔。
对于持续ALT正常且HBV DNA阴性者，建议至少每6个月进行HBV DNA、ALT、AFP和超声显像检查。对于ALT正常但HBV DNA阳性者，建议每3个月检测1次HBV DNA和ALT，每6个月进行AFP和超声显像检查;必要时应做肝组织学检查。
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