内镜室是中国食管胃静脉曲张诊治规范基地、赣州市医学会呼吸内镜专业委员会主委单位，在全市率先引进一体化、智能化的先进内镜清洗消毒系统，并率先开展了经胃镜下食道胃底静脉曲张硬化、套扎、人体组织胶封堵、金属钛夹等治疗。开设独立的负压诊间，配有奥林巴斯主机、潘太克斯主机、富士主机及与之相配套的各种高端胃镜、肠镜、十二指肠镜、支气管镜、内科胸腔镜及喉镜共22条。诊疗范围包括呼吸内镜诊断性技术，如常规支气管镜检查（内科诊断及外科术前检查）、窄谱支气管镜检查（NBI）、经支气管镜下淋巴结穿刺活检术(TBNA)、支气管镜下肺活检术（TBLB）、冷冻活检术、内科胸腔镜检查；呼吸内镜治疗性技术，如异物摘取术、高频电治疗、氩气刀治疗、激光治疗、硬质支气管镜下治疗恶性气道狭窄、内科胸腔镜下胸膜松解术、气管支架置入术、高压球囊扩张术、冷冻治疗、支气管胸膜瘘封堵术、支气管肺泡灌洗术；内镜项目，如常规胃肠镜及十二指肠镜检查、无痛胃肠镜检查、胃肠镜消化道息肉电凝电切术、消化道狭窄扩张术、内镜下消化道异物取出术、ESD（内镜下黏膜下层剥离术）、ERCP（经内镜逆行胰胆管造影）、内镜下内痔治疗术、贲门紧缩术、急诊止血术。